他提出：道者何？率性之谓也。
对此，李退溪以一种幽深玄妙的论说这样反驳道：今既指其有体用者为心。他还认为孔子教人文行忠信，后之学孔氏者，则曰：‘一为要一者，无欲也。
[24]《与伍光宇》，《白沙子全集》卷四。二者之相须，如车两轮，如鸟两翼，未有废一而可行可飞者。他的这一思想确实与陆九渊的思想有近似的一面，这样看来，后人评价其学说来源于陆九渊也就不无道理了。人的生命与自然物的区别就在于，人具有自觉的主体意识乃至主体精神，这一主体精神就是心本体的自我发现。心为太极，即所谓人极者也。
它既不是内在的超越，也不是外在的超越。正如夫道，至无而动，至近而神，故藏而后发，形而斯存……知者能知至无于至近，则无动而非神，藏而后发明其几矣，形而斯存，道在我矣……夫动，已形者也，形斯实矣。程颢说过物理最好玩，这个玩字，就是值得玩味的意思，这可能主要是指直观体验，但不能排除对象认识的一面。
二程虽然更强调伦理，并且使之本体化，变成宇宙的最高本体，成为人性的来源，但他们也提出穷物理的必要性。薛瑄就是这一发展过程中的一位重要人物，并且从某种意义上说，具有开创性质。[9] 这固然肯定了理的外在性、超越性，并把理说成天下之定理而不能违抗，但在心与性、心与理的关系问题上，却坚持内外、主客之分，并没有变成内在的主体意识。这固然缺少道德主体性思想，但是从另一方面说，却强调了认识的主体性，尽管这是直观的，而非逻辑的。
这确乎是道德的形而上学，却不是存有论或实在论哲学。在提倡理性精神的今天，我们应该深刻反思中国的传统哲学，使之走向现代社会。
[8] 这里所说的神，虽然采用了传统哲学的说法，但其实质则是指人的理性认识能力，是主体能动性的表现。他对理和穷理的解释，也是多从性理即道德理性及其认识的意义上说的，并不是指人的纯粹理性或理论理性，是求其所当然而不是求其所以然，是求其善而不是求其真，这也就是他所说的复性之学。理性与科学有联系，而与宗教迷信不相容。由于心具有理性能力，万事万物之理都是可以认识的，按照这种理解，哲学便不是言说那不可言说者，如前期理学家所说的默识心通，而是不可言说的。
因为如此，人和天地万物是一体，须知己与物，皆从阴阳造化中来，则知天地万物为一体[20]。[21] 心和理具有主客对立的意义，心代表的是认识主体，理则是认识客体、认识对象。况且，由于它承认外在权威的存在（心学派有些例外，但并没有建立起真正的自我意识和主体意识），不得不使其内圣之学陷入难以克服的矛盾。中国哲学，特别是儒家理学，是理性主义，还是非理性主义，或反理性主义？它又是什么样的理性主义？这似乎是当前争论的一个问题。
这虽然没有超出经验常识的范围，但是却具有科学理性精神。但他注重从经验和践履中取得这种认识，而不是直觉体验所能解决的，也不是豁然觉通式的顿悟所能解决的，这里有认知理性的问题。
另方面，他们又常常指出二者的区别，并强调即物穷理、格物致知和思的方法。至于他承认实理、定理的存在，从而规定了认识的内容，这也是事实，但是如果能进一步弘扬认识的主体性，则必然经过理性的分析和批判，这也是不容忽视的。
一方面，理学家把物理和性理、所以然和所当然，统一于最高的自然之理，即所谓宇宙本体之理，并通过存在认知或本体认知（以直觉、顿悟、灵感、体验为特征），达到天人合一的整体境界（所谓真、善、美的统一）。这个体，就是心体即性。这一解释，从某种意义上克服了道德形上论的说法，按照后者，人首先是一个形而上的本体存在，也就是自我超越的抽象化的道德本体。[16] 既然事物是客观存在的，道（理）便在事物之中，人的认识便只能是一种对象性认识，理名便是用以认识事物的概念，作为理学家，他毕竟没有完全否定太极之理作为宇宙本体、总觉天人、合内外的最高存在，是包括主客、内外的整体性存在，因此提出识理本无名以及默识心通的直觉认识法，这也是儒学和理学的一般方法。万物始终乃阴阳造化自然之理，神仙者必欲超出阴阳造化之理以常存，必无此理。[20] 薛瑄：《读书录》卷二。
这是一种认识的主体性，而不仅是道德实践的主体，具有认识的能动性，而不是为天地立心那样的天人合一论。一是当理代表物理或自然规律的时候，对于理的认识便成为真正客观的认识、理性的认识，它要解决的是是什么而不是应当如何，薛瑄的格物致知说当有这方面意义。
他是坚持朱熹的格物穷理之学，并把它发展到客观化道路的重要人物，虽然他没有提出纯概念的思维哲学，也没有提出逻辑演绎的思维方法，但是抛开其他的原因不说，单就思维方法而言，如果沿着这条道路发展下去，并不是没有某种新的突破的可能。这里仍然突出了道德主体性，突出了实践理性。
[2] 李贤：《文清公神道碑》。罗钦顺和王夫之正是接受和发展了薛瑄的这一思想，把心说成经验论的认识之心，而不是先验论的道德本心，即本体之心。
若如其说，则天不在天而在释氏矣。[21] 薛瑄：《读书录》续四。[15] 程颐：《程氏易传》。中国的传统哲学，特别是儒家哲学，都以天人合一即人和自然的统一为基本的思维方式，无论是强调自然界的伟大（对天的崇敬），还是强调人的中心地位，都是追求一种和谐统一的价值取向和理想境界，而不是把自然界作为对象去认识、去改造。
程、朱以其心体用说，承认心体是性，即自我超越的本体存在，所谓格物穷理，即是透过格事物之理，从而体悟心中之理，必须通过豁然贯通以明吾心之全体大用。[23] 薛瑄：《读书录》续四。
他对于程、朱的性即理的性理之学，十分推崇，认为此语足以定千古论性之疑。宁有是理耶？[25] 由于他坚持人是自然界的产物，又坚持人与自然、主体与客体的对立，坚持人心只是认识主体而非宇宙本体，因而能够对于佛教的万德唯心等理论进行深刻的批判，这一批判继承了张载，对于后来的罗钦顺等人产生了很大影响。
[3] 薛瑄：《读书录》卷二。朱熹哲学虽不像牟宗三先生所说，是存在论的哲学，而是形上本体论的哲学，但认知理性的问题毕竟是提出来了。
[3] 这说明，人的任何认识都不能离开认识对象，这种认识需要运用心智，要澄心精意、沉思力探而得之，这是一种经验论的认识方法，同时又需要理性分析。[1] 薛瑄：《临终口号》，《文集》卷五。薛瑄把心即认识主体说成物质实体及其功能，否定其形而上的超越的存在意义，这是对理学的一个重要的修正和发展，并且对后来的罗钦顺、王夫之等人产生了重大影响。正是从这个意义上说，薛瑄在理学发展中作出了重要贡献，占有重要地位。
中国哲学从一开始就是以解决人的存在及其人生价值为根本路向，在人和自然、主体同客体的关系的问题上，始终把天人合一的价值取向作为基本课题，追求一种内在超越的理想人格。穷理而后才能尽性至命，二者有层次之分。
[22] 薛瑄：《读书录》续三。薛瑄作为理学中的一个重要人物，对此有何建树，他的思想的基本特点和倾向是什么？透过对薛瑄哲学的一些分析，或许有助于理解中国哲学与中国理性的某些特征。
这当然不是康德的先验综合命题，也不是西方的逻辑分析命题，它基本上仍然是经验综合型的命题，即没有离开中国传统思维方式。因此，这种传统哲学是一种情感意向型的思维，注重对人生意义及其价值的追求，而不是对自然界的客观的理性认识，因而也不可能产生形式化、逻辑化的理性思维，这一点连薛瑄直到王夫之等人也不例外，但薛瑄毕竟在主客体的关系问题上比前期理学家有所前进、有所发展，这正是我们所关注的。